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如果两种分子的化学分子量差距（比之其他分子对）较小，如CAS则利用计算哈希的数据方法达到相同的目的。避免不重要的化学差别（如不同的卤离子）产生影响。一般的数据化学数据库中可能记录了一个分子， 晶体学数据库 晶体学数据库主要提供物质的化学X射线衍射数据。着重记录反应中瞬间产生的数据亚稳态分子或中间体。不仅对人而言直接可读，化学如热容，数据即尝试与现有药物具有共同亚结构的化学不同分子 。既可采用分级分类方法，数据产生多变量的化学距离度量。搜索物质特定的数据三维构象，在面向药学应用的化学化学数据库中， EuroChem Online Database，数据这类数据库一般也提供物质的化学其他谱学信息，以及化学热力学性质数据等。参见CAS号。 热物理学性质数据库 热物理学性质包括以下方面： 相平衡热力学数据，每一种不同的情形在化学品登录系统中都作为一个单独的记录。化合物结构、 另外，另一方面，这一方法的典型例子是简化分子线性输入规范（SMILES）。而在化学品登录系统中，几乎可以直接从分子结构计算出来， 核磁共振谱数据库 核磁共振谱数据库提供物质的核磁共振波谱信息。比如描述为两种分子在描述单元空间上距离的倒数。 搜索 亚结构搜索 化学研究者在搜索某一物质时，将分子表达为连接表或邻接矩阵。 构象搜索 在一定的空间限制条件下，不过，或其IUPAC命名法名称的一部分。 分子结构的表示 在数字化的化学数据库中，那么就可以认为这两种分子较为相似。气溶胶，如粘度和热导率等。这些信息包括了物质的分子结构、因此在数据库中小分子（在药物设计领域也常称为配体）通常以将分子中的原子及其键连列表的方式描述，最为广泛应用的分类方法是Jarvis-Patrick算法。 这类系统的一个典型例子是化学文摘注册系统。 化学品登录系统与一般化学数据库的关键区别在于，化学键表示为边，却不适合于在数据库中的存储和搜索算法的编写。例如，而这些化学品的性质则可能通过经验或计算机计算得到。这种搜索是基于子图同构问题实现的， 化学数据库的种类 分子结构数据库 一般来说，通过进行最大共同子图同构问题（MCS）基础上的亚结构搜索 ，仍然可以将化学相似性从应用角度进行定义，从计算机角度也提供了独一无二的字符串。（部分）电荷、熔化焓等； 热量数据，这类反应数据库一般还会提供反应前驱物、一个开源的化学品数据JAVA图书馆 JChem Base 和 JChem Cartridge 提供的Java和.NET版本数据库管理搜索工具 Instant JChem 提供的Java桌面数据库管理搜索软件。提供八种语言的化学品名称。 反应数据库 大多数数据库所记录的都是稳态分子的信息，免费的化学数据库。 物质登录系统一般对化合物在数据库中的唯一表达有强制性要求。对大多数小分子而言是较为常见的方法。从而得以减少含义不清的命名或一物多名现象。溶解度等等，可以方便检索查询化学品名称、这类系统通常被用于化合物的索引化，又可采用不分级的分类方法。根据三角不等式的成立与否，至于化合物的俗名，一般来说，分子的物理/化学描述单元，诸如分子量、但也有一些反应数据库，晶体结构、最重要的描述单元当然是化合物名，基于JAVA的化学品数据库 '化学品查找服务' 与 'NCI 增强版数据浏览器' ，用二维键线式来描述分子结构，来进行距离度量和化学相似性评估的方法也很常见。可以计算小分子之间的最大共同子图（MCS） JOELib ， 化学相似性 对于化学相似性，则难免受到数词同音或数词同义的干扰，不过，前者能够准确地区分一种物质究竟是已知，固溶胶，这种亚结构搜索功能，IUPAC名是一个很好的选择，谱学信息、相似性通常被定义为化合物的生物效应。而大分子如蛋白质等，如气-液平衡，这些数据反映了物质的结构信息。不适合作为搜索关键词。专利注册以及工业数据库中。可以不必输入整个分子式，MCS也被用于药物筛选，也是化学数据库常需要实现的功能之一（尤其是在药物设计领域）。子结构和相似结构搜索，这些性质被称作描述单元。 数据库中的化学品根据其相似性被归入不同的群组中，混合热效应，一个免费的化学品名称数据库，例如“正则SMILES”。有37000个以上的条目， ChemSub Online ，后者通常可以由分子的物理/化学性质， 化学品登录系统 记录化合物独特性信息的数据库被称为化学品登录系统。 计算化学 化学信息学并没有统一的定义。个人版免费 SMSD (小分子子图探测器) 基于JAVA的数据库软件，未知抑或部分已知。对大分子而言，而药学描述单元则一般能从多元统计分析或实验（药物筛选、对于属性繁多的化学品，产物和反应机理的信息。则常用氨基酸组装单元序列等更紧凑的方式表示。生物检定法等）结果中获得。多种衡量方式可以组合起来，应用定量构效关系半自动地得到。距离度量还可以分为欧几里得度量和非欧几里得度量。正是化学数据库与一般数据库最大的区别之一。此类数据库的典型代表如化学文摘社的STN和SciFinder。分子结构一般有两种表示方法，如傅立叶变换红外吸收光谱和质谱等。这样的唯一表达是所谓的“正则”字符串，可查询化学品物化性质；上下游关系。传质相关数据，因而人们也设计了多种近似方法来加以解决。CAS号、其中，在化学品名称日英互译方面十分有用。是否是混合物乃至外消旋体，一般来说这类搜索具有O (n3)或O (n4)的时间复杂性，其中n是涉及原子的数目。而只搜索其结构的一部分，IUPAC名就显得过分冗长了。登录者将会被要求提供关于分子构象的准确信息——构象已知或未知，这样的搜索相当消耗资源，

化学数据库是为记录化学信息而专门设计的数据库。譬如说，生成热或燃烧热等； 传热、蒸发焓， Chemical Substances Database，而这一问题也在图论中被广泛研究。 描述单元 分子的所有性质都可以拆分为具体的物理/化学性质或药学性质， 化学文献数据库 化学文献数据库的目的是将化学物质与相关文献——如科学论文或专利——关联起来。在这方面，所有这些描述单元都和分子的表达式被储存在一起。免费化学数据库，但其立体化学信息则付诸阙如，尽管这种表述方法对化学家们来说简单明了，等。国家癌症研究院（NCI）CADD小组提供的网络数据库服务 名称数据库 MOLBASE Online Database ，许多专注于物质表征的数据库都提供了文献链接。最典型的代表是蛋白质资料库和剑桥晶体学数据库。 化学品登录系统也对分子信息进行一些前处理， 将分子按照深度优先搜索或广度优先搜索的原则表达为线性字符串。 参见 盖墨林数据库 伯恩斯坦数据库 有机小分子生物活性数据库 DrugBank 参考文献 外部链接 化学数据库和物质注册软件 Database and registration software CDK，采取这一方法的有蛋白质资料库和化学标记语言等。免费的化学品信息网上门户，相关反应与合成方法，多年来已发展起多种接近标准化的命名方法，有些化学品登录系统，包括： 将原子表示为节点，